Charlotte Amalie es la capital de las Islas Vírgenes de los Estados Unidos, un territorio de los Estados Unidos. Su población estimada en 2004 era de 19.000. Está localizada en el lado sur de la isla de Saint Thomas. Charlotte Amalie es también el nombre del puerto de aguas profundas que una vez fue posesión de los piratas y que es ahora un famoso puerto de cruceros. Cerca de 1,5 millones de pasajeros de cruceros llegaron a Saint Thomas en 2004. Charlotte Amalie posee edificios de importancia histórica y es lugar de la segunda sinagoga más antigua en el Hemisferio Occidental.

La ciudad fue nombrada por la Reina Charlotte Amelia de Hesse-Cassel (1650-1714), consorte del Rey Cristian V de Dinamarca.